El Centro Educativo San Miguel surgió en el año 1993, con la creación del Instituto de Artes y Ciencias del Movimiento Humano ( ARCIM ) que en 1995 se transforma en el Instituto San Miguel.  Su emplazamiento original se encontraba en la Confederación de Deportes de la Provincia de Córdoba, ubicada en calle Ovidio Lagos Nº130 del Barrio General Paz, con el dictado de las carreras de Instructor Nacional en Gimnasia Aeróbica, Musculación Deportiva, Voley y Natación.

En el año 1995, se inició  la carrera Profesorado de Educación Física, contando desde 1996, con una nueva y definitiva ubicación: el predio deportivo del Club Atlético Universitario.

Desde 1997, a partir del Convenio de articulación con la Universidad Nacional de La Plata, los alumnos tienen acceso a la Licenciatura en Educación Física, a la Especialidad en Fisiología del Ejercicio, a la Maestría en Educación Corporal y a la Maestría en Deportes. Todas con cursado en la sede de nuestra institución.

A partir del año 2001, los acuerdos con la Universidad Pedagógica de Ludwigsburg,  Alemania, para la implementación del Programa de Extensión “Escuela en Movimiento, Escuela Sana” permitieron, a raíz de su desarrollo exitoso, la primera publicación institucional: Escuela en Movimiento, edición patrocinada por el Ministerio de Educación de la Provincia de Córdoba.

A comienzos del 2002, se fundó la Escuela de Niños Deportistas que actualmente cuenta con Nivel Inicial y Primario. En el año 2003, se dio inicio a la carrera Profesorado de Educación Inicial. Cuenta con una particularidad: la orientación en Juego.
Ya en 2008, inició su actividad el Instituto de Estudios Avanzados. El mencionado instituto posibilitó las carreras de formación universitaria por los convenios sostenidos, y las actividades relacionadas con la investigación y extensión a la comunidad.

Finalmente, en el año 2009, comenzó a funcionar el Instituto Secundario San Miguel que dio continuidad al proyecto pedagógico de la Escuela de Niños Deportistas.